El Parque Nacional Volcán Poás protege cuencas hidrográficas en las que nacen aproximadamente 20 ríos y riachuelos como los siguientes:  los ríos Desagüe, Vigía, Yurro Seco, Achiole, Poasito, La Paz, La Paz Grande, La Paz Pequeña, Ángel que sale de la Laguna de Botos, Mastate que nace entre el cráter y el cerro Von Frantzius y el Agrio que es de aguas ácidas y nace cerca del cráter.  Además las quebradas:  Pilas, Seca, Tigre, Pulga, Gata llamada así por el color azul de sus aguas, Quieuyal, Arrallanes, Cascajal, Piedras y Cariblanco.

Los anteriores dan origen a ríos de mayor caudal y abastecen de agua a comunidades como Poasito, Bajos del Toro y Grecia.

Se protegen además, dentro de este parque, flora y fauna de cinco ecosistemas diferentes:  el primero en los alrededores del cráter donde las erupciones prácticamente han desprovisto las tierras de vegetación, el segundo es el área llamada de los arrayanes, el tercero bosque achaparrado, el cuarto bosque enano y por último el bosque nuboso.